Fondato nel 1568 per iniziativa di Ulisse Aldrovandi, dopo vari trasferimenti trovò la sua definitiva collocazione presso l'antico Collegio Ferrerio. La superficie complessiva ammonta a di circa due ettari e su di essa sono coltivati più di cinquemila esemplari di piante locali ed esotiche. Le serre sono tre: due accolgono piante tropicali (principalmente felci, orchideacee, broneliacee e alberi di interesse alimentare, mentre la terza ospita la collezione di piante grasse. Gli altri settori dell'Orto comprendono l'area delle piante officinali, l'area ornamentale, il bosco parco e il settore delle ricostruzioni di ambienti naturali.Il primo nucleo, denominato l'Orto dei Semplici, ebbe origine nel 1568 sull’area cortilizia di Palazzo d'Accursio, nello spazio che nel 1925 fu occupato dalla Sala Borsa su progetto di Edoardo Collamarini, per iniziativa di Ulisse Aldrovandi (1522-1605), professore di filosofia naturale presso l'Università di Bologna, e creatore - nel 1556 - del museo di storia naturale. Dal 1803, si estende negli oltre due ettari di terreno tra le porte urbiche di San Donato e Mascarella, dove sono coltivati più di cinquemila esemplari di piante locali ed esotiche. Qui sono allestite diverse aree tematiche: le piante officinali, le piante ornamentali, il bosco-parco, e la ricostruzione di diversi ambienti naturali. Tra le specie in terra si ricordano Ginkgo biloba (femmina) e Magnolia grandiflora. Di particolare interesse le tre serre che accolgono piante tropicali e grasse.