Come si evince dall'epigrafe posta all'ingresso dell'edificio, la chiesa venne eretta presumibilmente nel primo decennio del 1700, quando il luogo era chiamato Pietra rotonda. Nei decenni successivi, a più riprese, al corpo principale furono aggiunti altri ambienti.
Probabilmente in passato nello stesso luogo esisteva anche un edificio a torre merlata con pianta circolare, di epoca precedente alla chiesa stessa. Ai primi del '900 Sant'Anna è stata sconsacrata e i piani superiori dei locali adiacenti sono stati usati come abitazioni.