La sua fondazione fu voluta dal conte normanno Accardo II, nel 1133, il quale donò il casale di Cisterno alle Benedettine. Privilegiato dalla tradizione che, tra le prime badesse, novera una sorella e una figlia del conte Accardo e una congiunta di re Tancredi d'Altavilla, San Giovanni divenne il monastero la cui comunità di claustrali fu, per molti secoli, formata da fanciulle della più facoltosa aristocrazia salentina. Inoltre costituì l'ente al cui vistoso patrimonio appartenevano interi casali e il centro, non solo di rapporti con pontefici e sovrani, ma anche di una condizione sociale, di un prestigio religioso e di un'influenza artistica di considerevole importanza che viene documentato dal prezioso archivio, dal tesoro di sacri arredi e paramenti, entrambi conservati nel monastero, e dalla sopravvivenza - unico tra tutti i monasteri cittadini - alle soppressioni, pur dopo l'incameramento statale dei beni ecclesiastici che spogliò San Giovanni di ogni sostanza.