La Basilica di S.Ippolito fu riportata alla luce agli inizi degli anni ’70 del secolo scorso, presso il canale di Fiumicino (antica fossa Traiana) nell’Isola Sacra. Costruita tra la fine del IV e gli inizi del V secolo, è la Basilica paleocristiana più importante del suburbio portuense. Sorge su di un edificio termale d’età romana di cui restano degli ambienti e in particolare alcune cisterne per l’acqua.
La basilica a tre navate con abside, conserva tracce della cattedra episcopale e del battistero costruito in una fase successiva.
Essa fu utilizzata durante il medioevo e venne abbandonata, con molta probabilità, nel secolo XV in seguito allo spopolamento della diocesi.
All’interno della basilica sono stati rinvenuti resti di epigrafi e reperti scultorei di pregio che si conservano nel vicino Antiquarium, dove spicca, per importanza, il ciborio carolingio realizzato durante il pontificato di Leone III (795-816).