Il Museo si compone oggi di tre sale. Nella principale, di maggiore dimensione, si trovano, esposte su due livelli, le sezioni di: Osteologia con varie tipologie di scheletri dai neonati agli adulti, una ricca collezione di crani, tra cui la sezione dedicata alle “persone illustri” con il cranio dello scienziato Valentino Brugnatelli, le ossa del tronco, degli arti superiori, degli arti inferiori; la sezione di Angiologia che conserva nella teca centrale, le “statue naturali”, cadaveri interi preparati a secco ottenuti con la tecnica di iniezione dei vasi, oltre a una serie di preparati relativi al cuore, al sistema venoso, arterioso e linfatico; la sezione di Embriologia con embrioni, feti umani e uteri in gestazione; la sezione di Anatomia generale con fini preparati relativi al tessuto connettivo, cartilagineo e osseo, preparati di tessuto muscolare, nervoso e vasi sanguigni.
Nelle due sale più piccole trovano posto preparati relativi alla Splacnologia, Estesiologia, Neurologia, e Anatomia Topografica.