Dopo avere vissuto nel corso dei secoli XVII e XVIII molti passaggi di proprietà ed essere stato impiegato per vari utilizzi, nel 1927 Palazzo Belgiojoso divenne sede dei Musei Civici di Lecco.
L'ingresso è dominato dall'ampio porticato sulle cui pareti è stato collocato un lapidario con vestigia del seicentesco forte di Fuentes, decorazioni e lapidi di alcuni edifici tardomedioevali lecchesi. Sul soffitto dello scalone sono emersi quattro medaglioni della seconda metà dell'Ottocento, con il ritratto di altrettanti personaggi che raffigurano i protagonisti del romanzo di Alessandro Manzoni.
Oggi è sede del Museo di Storia Naturale, del Museo Archeologico e del Civico Planetario, inaugurato nel 2004. Al piano terreno sono aperte al pubblico anche le prime sale del nuovo Museo Storico, la cui realizzazione verrà completata nei prossimi anni.
In tal modo il palazzo costituisce un polo museale articolato che, riprendendo l'ispirazione dei suoi illustri fondatori, offre al visitatore la possibilità di ripercorrere con serietà scientifica e chiarezza divulgativa la storia economica, sociale e ambientale del Lecchese, dal Paleolitico all'Età Contemporanea.