Esistente forse già prima dell'XI secolo, il monastero delle Benedettine di Santa Maria Veterana fu largamente beneficato nell'XI secolo da Goffredo, conte di Conversano e signore di Brindisi, e dalla moglie Sichelgaita.

Nel corso del XVIII secolo fu abbandonato il vecchio monastero, che si sviluppava su tre lati del chiostro medievale, per la costruzione del nuovo, ad occidente dell'antico complesso. La nuova struttura occludeva così la facciata da cui fu smontato il portale e ricostruito sulla fiancata destra. La presenza delle Benedettine ebbe termine nel 1866 allorché, in conseguenza di provvedimento soppressivo, abbandonarono il monastero, attuale sede della Polstrada. La chiesa, con il chiostro più antico, venne invece consegnata all'arcivescovo di Brindisi per divenire sede della parrocchia vicariale già in Sant'Anna. Nel corso del XX secolo ha subito rimaneggiamenti e inversioni di direzione, fino a un restauro (anni cinquanta) che ha eliminato e disperso gli altari barocchi.