Un tempo Le Cesine non si presentavano come sono oggi.

Una vasta palude, facente parte di una zona umida ben più vasta che partiva a nord da Brindisi e si estendeva a sud sino ad Otranto, cominciava a ridosso del mare e si estendeva sino a lambire i centri abitati del comune di Vernole.

Una zona considerata da tutti malsana, la presenza della zanzara anopheles determinava grossi problemi in termini di salute, l'habitat palude pregiudicava la coltivazione e di conseguenza la produttività.

Queste caratteristiche secondo alcuni determinarono il nome della zona che deriva dal latino (zona incolta). Secondo altri il nome Cesine deriva probabilmente dal verbo latino caedere (tagliare), da cui "bosco ceduo" e ricorda l'antica pratica di tagliare gli alberi e di bruciare i boschi per ottenere terreni coltivabili e fertili.

Alla fine dell'800 si comincia a pensare alla trasformazione di questa vasta area, sconfiggere la malaria ed ottenere terreni coltivabili sono le ragioni che determinarono l'inizio dei lavori di Bonifica.

La bonifica si attuò seguendo due criteri fondamentali; la canalizzazione e l'impianto.

La canalizzazione, mediante la realizzazione di una fitta rete di canali collegati ad un principale canale allacciante o alla laguna costiera, permetteva all'acqua dolce di scorrere via verso il mare, diversi pozzi realizzati nell'area permettevano di conservare una adeguata quantità d'acqua in caso di necessità.

L'impianto consiste nella scelta e nella messa a dimora di una serie di specie arboree che avevano il compito di assorbire l'acqua rimasta nonostante la canalizzazione e di rendere il terreno adatto alla coltivazione ed allo sviluppo delle piante tipiche della macchia mediterranea di questa zona.

Un intenso e faticoso lavoro di numerosi braccianti del territorio coordinati da esperti provenienti dall'Emilia Romagna (Bonifiche Ferraresi) resero il territorio coltivabile e salubre.

La riforma Fondiaria dei primi anni cinquanta ridisegnò la proprietà dell'area ed alla Regione Puglia vennero affidati circa 350 ettari di terreni, altri 300 furono frazionati e destinati a coloro che bonificarono Le Cesine.

Da questi anni sino ai primi anni 70 l'area di proprietà regionale furono concesse in gestione ad una associazione di cacciatori.

Con il crescere della coscienza ambientalista e della consapevolezza dell'importanza della conservazione e della salvaguardia di zone come Le Cesine, dopo una terribile mattanza di circa 5000 animali, si cominciò a lavorare per l'istituzione della riserva naturale.

Nel 1971 a Ramsar , in Iran, i 350 ettari di proprietà regionale ed i 300 ettari di privati a Le Cesine vennero riconosciuti Zona Umida di Interesse internazionale; dopo la ratifica di Ramsar in Italia (1977) comincia il lavoro incessante di sensibilizzazione che il WWF Italia ed il Corpo Forestale dello Stato, nella persona del dott. Raffaele Congedo svolsero per far si che si riconoscesse all'area una tutela maggiore.

Il grande lavoro di sensibilizzazione alla salvaguardia ed alla conservazione dell'area furono coronati da importanti risultati: nel 1979 Le Cesine divennero Oasi WWF e nel 1980, per decreto ministeriale, furono dichiarate Riserva Naturale dello Stato e venne assegnata al WWF Italia la gestione dell'area.

Studi e ricerche svolti o promossi nel corso degli anni dal WWF permisero alle Cesine di essere successivamente riconosciute ZPS (zona a protezione speciale) per via della nidificazione di diverse specie animali, e SIC (sito di interesse comunitario) grazie alle specie animali e vegetali iscritte nelle varie liste presenti nell'area, oltre che palestra straordinaria di educazione alla conoscenza ed al rispetto della natura.

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Da Lecce: dalla tangenziale est uscita 8B (quella dopo lo stadio) proseguire per San Cataldo, all’incrocio con semaforo svoltare a destra (direzione Otranto) a circa 2,8 km sulla sinistra, l'ingresso sarà segnalato da una bandiera del wwf, percorrere la stradina asfaltata per circa 1 km sino al centro visite Masseria Cesine.

Da Otranto: seguire la litoranea che porta a Lecce, superata la località balneare San Foca, all'incrocio con indicazioni per Vanze proseguire seguendo le indicazioni Riserva Naturale Le Cesine. Dopo circa 1,5 km svoltare a destra all'altezza dell'ingresso segnalato dalla bandiera del Wwf, percorrere la stradina asfaltata per circa 1 km sino al centro visite Masseria Cesine.