A partire dal 1797, con l'affrancamento dalla feudalità, emerse un nuovo entusiasmo che condizionò la vita civile e quella religiosa di Alberobello. A distanza di pochi anni furono fondate due confraternite, nel 1823 quella del SS. Sacramento e nel 1840 quella dei SS. Medici. Molto probabilmente l'istituzione a così poca distanza di ben due associazioni religiose in un paese dalla storia così recente ebbe origine dall'esigenza di avvalersi di tali realtà per meglio organizzare l'educazione e la vita religiosa del territorio.

La confraternita del SS. Sacramento, sotto la guida spirituale di don Giuseppe Caramia, cominciò a riunirsi presso il Trullo Sovrano, una struttura che, ancora oggi, grazie all'affresco che decora l'arco d'accesso, testimonia tale funzione. La congrega fu istituita ufficialmente dalla Curia vescovile di Conversano nel 1825 e, sebbene non esista alcun Decreto Pontificio a tale proposito, un documento del 1882 ci informa che esiste uno scritto con il quale il Sommo Pontefice elargiva a questo Oratorio l'Altare Privilegiato in perpetuo, in data 27 settembre del medesimo anno di fondazione. Il 6 giugno 1826 giunse il decreto reale che consentiva l'attuazione di questo corpo morale con sede nella chiesa parrocchiale dei SS. Medici.

Pochi anni dopo, per merito della stessa congrega si diede inizio all'edificazione dell'attuale chiesa di Santa Lucia che, iniziata nel 1829, fu inaugurata il 2 febbraio 1838.

A pochi metri dall'attuale Piazza del Popolo, l'edificio di fatto ha acquisito una certa rilevanza dato che su tale slargo si affaccia il palazzo degli Acquaviva e, inoltre, delimita idealmente un percorso religioso demarcando Corso Vittorio Emanuele, allora Corso Nazionale, che ha inizio con la Chiesa Matrice.

Nel 1881 il Consiglio Comunale e il Clero decisero di risistemare la chiesa dei SS. Medici e l'anno dopo fu posta la prima pietra dell'attuale basilica. Questo sembra non aver inciso nella vita della confraternita che, data la quantità dei lasciti testamentari, nel 1882 possedeva un discreto numero di suppellettili. Visto il costante aumento del numero dei confratelli e delle ricche donazioni, il luogo di culto fu ulteriormente ingrandito nel 1885, prendendo l'attuale aspetto. Oltre a ciò, mentre la nobile famiglia Acquaviva curava il decoro degli ambienti interni della vicina residenza signorile, l'arredo della piccola chiesa fu accresciuto ulteriormente. È del 7 ottobre 1889, infatti, il ricco inventario degli oggetti mobili esistenti nell'oratorio.

Le cose non cambiarono molto con l'inizio del nuovo secolo. Nel 1901 don Giovanni Girolamo divenne rettore della chiesa e fu riconfermato nel 1904. In tale anno la confraternita contava ormai ben sessantotto confratelli e ottantadue consorelle. Il tempio era dotato di tre altari: l'Altare Maggiore e del SS. Sacramento, l'unico consacrato, l'altare dedicato a san Francesco e un terzo al Crocifisso.

La vita della congregazione continuò fino a che, dopo la seconda guerra mondiale, a seguito del progressivo invecchiamento dei confratelli, fu indotta, nel 1968, a fondersi con quella dei SS. Medici. La cura dell'edificio passò alla Parrocchia dei SS. Medici dal 1976, fino a che, nel 2001, il tempio, come rettoria, fu affidato dal Vescovo mons. Domenico Padovano alle cure della Chiesa di S. Antonio.