Il nome della chiesa di Santa Maria Zaffara pare derivi dal colore dell’abito della Madonna raffigurata in una tela attualmente ospitata nel Museo Diocesano. La facciata è ascrivibile al XVII secolo. Quando nel 1986 iniziarono dei lavori di restauro della Basilica Cattedrale, i lavori, protrattisi fino al 2003 e promossi dalla Parrocchia Basilica Cattedrale della Madia e dalla Curia Vescovile Conversano-Monopoli, inclusero nel progetto anche il restauro di altre chiese che si trovano a ridosso delle antiche fortificazioni monopolitane: (la Cripta di S. Matteo all’Arena, nel fossato delle Mura, che conserva preziosi affreschi del XII-XIII secolo, ma al momento non è visitabile), e la chiesa di S. Maria Zaffara, sotto la quale è emersa un’altra chiesa, antecedente all’XI secolo.
L’antico splendore, conferitole da numerose opere d’arte e fantasie popolari, oggi è del tutto scomparso e l’ icona raffigurante la Madonna col Bambino, è conservata in Cattedrale.