Attualmente dislocato su tre livelli lungo una superficie di 1500 mq, il Museo Diocesano di Molfetta prevede al piano terra la possibilità di ammirare la sezione archeologica che raccoglie sia materiale preistorico di Età Neolitica che di Età preromana; la galleria dei paramenti liturgici che rivelano l’evolversi del gusto e delle tipologie tessili e decorative dal XVII alla fine del XIX secolo; il lapidarium che custodisce i frammenti erratici provenienti dall’antico Duomo di Molfetta, dalle chiese e dall’arredo urbano; le due sale della statuaria che ospitano le antiche statue della Settimana Santa molfettese ed una raccolta di reliquiari “a busto” in legno dipinto, risalenti al Seicento. Al primo piano s’impone la monumentale Biblioteca del Seminario Vescovile, realizzata tra il 1837 e il 1844, che attualmente custodisce circa 47 mila opere, compresi manoscritti, incunaboli e cinquecentine ed alcuni testi a stampa risalenti al Seicento e Settecento. A completare il percorso è la Pinacoteca nella quale sono esposte opere comprese tra il XVI e XVIII secolo, a firma di grandi artisti: il Cardisco, il Cozza, il Cavallino, il Giaquinto, il Porta ed altri della “scuola napoletana”. Di non poco interesse sono anche la Sala del Tesoro che espone apparati e vasi sacri per la liturgia; la sezione della Scultura contemporanea dell’artista molfettese V. Zaza; l’antica Cappella del Collegio dei Gesuiti, oggi Auditorium, riprogettata nell’800 dall’arch. de Judicibus e arricchita dai dipinti murali di M. Romano.