La chiesa di S. Domenico, ora ubicata sull'omonima via facente angolo con Via S. Rocco, fu edificata, tra le chiese di S. Giovanni e S. Rocco, per volere del vescovo di Molfetta Giacinto Petronio dell'ordine dei Padri Predicatori (1622-1647) in area detta "Terra Cavata", di proprietà della Badia di Banzi.

La "Platea" del convento (Archivio Diocesano di Molfetta) attesta che la data della posa della prima pietra deve essere fatta risalire al 25 agosto dell'anno 1636. In pari data l'Università eleggeva S. Domenico Protettore della città. Altri saggi datano la la posa della prima pietra al 1637.

Una lapide posta sotto la nicchia del Sacro Cuore di Gesù, all'interno della chiesa, conferma la data di fondazione nell'anno 1636 e di consacrazione della chiesa nel 1699. Altri studi riportano invece la data di consacrazione al 1679.

La comunità domenicale ebbe inizio grazie ad una donazione fatta da monsignor Petronio (registrata in data 5 luglio 1638) ai padri del suo ordine invitandoli a reggere la chiesa. La prima pietra fu posata il 15 luglio dello stesso anno ed i lavori terminarono nel 1647 anno in cui fu accettato nel Capitolo generale dell'ordine. Il complesso ebbe sviluppo tra le vie S. Domenico e S. Rocco ad est della chiesa; esso unitamente al suo chiostro si pose come polo di attrazione a soccorso degli abitanti di zona.

Il progetto originario lo si deve al reverendo D. Giovanni Battista Russi che progettò la porta ed il cornicione interno ed esterno alla chiesa. La realizzazione delle basi, dei pilastri delle cappelle e dell'altare maggiore fu affidata ai maestri Giovanni Angelo Romano, Paolo Natale di maestro Andrea Parisio di Pariso; si alternarono successivamente i mastri Paolo e Andrea di Corato, Giovanni Angelo Romano, giovanni Cervone e Angelo Santo di Bitonto.

L'esterno della chiesa è fabbricato con pietra calcarea locale a filari di conci rettangolari. Nella parte nord si colloca l'ingresso principale preceduto dal sagrato e da un vestibolo porticato a tre archi sorretti da pilastri. Il portico è scandito in cinque campate da altrettante volte a crociera di cui quella centrale decorata da serti floreali a mò di costoloni al cui incrocio è scolpita l'immagine del volto di S. Domenico; le due campate laterali sono oggi isolate dal resto del portico da due muri simmetrici in cui si aprono due porticine. Ai lati delle tre arcate sono presenti due nicchie rettangolari che, sormontate da cornici triangolari, ospitano le statue di Santa Maria Maddalena (a sinistra) e Santa Caterina d'Alessandria (a destra). Le statue in legno di queste due Sante sono poste all'interno sull'altare maggiore, in quanto, le loro immagini sono spesso oggetto di culto nelle chiese domenicane.