Il Museo, denominato significativamente Casa del Pescatore, è allestito all’interno di un locale di proprietà del Comune di Lesina, situato sul lungolago, destinato in parte a Centro Visite del Parco Nazionale del Gargano. L’idea di creare un museo della cultura lagunare in Capitanata, nasce negli anni ’90, con l’intento di realizzare un contenitore modernamente ordinato e attrezzato, di "pezzi", scientificamente vagliati, che raccontasse la storia della presenza umana su questo territorio fin dai primordi. Grazie all’aiuto dei cittadini di Lesina, che hanno donato al Comune gli oggetti che oggi costituiscono la dotazione del museo, si è riusciti a tutelare la cultura lagunare recuperando le tradizioni e le esperienze legate all’economia, al lavoro, alla vita e alla società degli uomini, indagando una storia millenaria di genti che ha vissuto tra terra e acqua in una provincia invece nota per la pastorizia e l’agricoltura. Il Comune ha anche recuperato un vecchio “sandalo” antica imbarcazione lagunare.