L'oratorio della Compagnia delle Sacre Stimmate, eretto l'anno 1600 divenne sede parrocchiale con decreto del vescovo di Pistoia e Prato, Monsignor Gabriele Vettori in data 10 maggio 1922. L'antica chiesa di Santa Maria Assunta a Bonistallo era infatti stata venduta e soppressa nel 1902 per pagare i debiti della nuova chiesa, l'attuale propositura di Santa Maria del Rosario, di Poggio a Caiano, dove era stata spostata la parrocchia.La nuova parrocchia fu retta dal sacerdote Ciro Puggelli dal 1922 fino al 1950, anno in cui divenne parroco di Bonistallo don Giuseppe Frati, fino al 1981. La chiesa di San Francesco si erge alta su un terrapieno, preceduta da un portico ottocentesco che conserva numerose lapidi. La chiesa a unica navata, coperta da una volta a botte ribassata, presenta un interno settecentesco. Sopra le quattro porte laterali, cartelle mistilinee incorniciano rilievi in stucco.Fra le opere, Gesù Cristo benedicente e i santi Francesco e Lorenzo, di Fra Felice da Sambuca, al secolo Gioacchino Viscosi, attivo in Toscana a partire dal 1777; e la Madonna del Rosario con i santi Domenico e Caterina, tela centinata dipinta nel 1623 da Matteo Rosselli. Dietro l'altare principale si trova una tela di Francesco Inverni che raffigura San Francesco in ginocchio intento a pregare (1986).La chiesa ebbe una particolare cura dei Granduchi di Toscana, che nelle vicinanze possedevano la villa medicea di Poggio a Caiano. Nell'antica chiesa di Santa Maria Assunta a Bonistallo furono sepolte "in quattro mezzine" le viscere di Francesco I de' Medici e Bianca Cappello, morti proprio alla villa, il cui ritrovamento ha fatto sospettare il loro avvelenamento da arsenico, ipotesi tuttavia non confermata da successivi studi scientifici.