Il palazzo del Capitano di Todi, detto anche palazzo Nuovo, sorge sul lato orientale della piazza del Popolo, accanto al palazzo del Popolo al quale si affianca in posizione arretrata. Una grande scala unifica i due palazzi, che oggi sono sede municipale e dei musei comunali.
Il palazzo venne costruito nel 1293 ed originariamente era separato dal contiguo palazzo del Popolo da una strada che fu poi chiusa e coperta.
Nel 1518 le volte del piano terra furono murate e riaperte in epoca relativamente recente. Risale invece agli anni ’40 del XX secolo la porta d’ingresso esterna collocata in cima alla scalinata.
Al piano terra, al di là della scalinata che conduce al palazzo del Popolo, si aprono due grandi archi a tutto sesto che conducono ai cosiddetti voltoni, un ambiente porticato che funge da atrio.
Al di sopra di questi, spiccano per eleganza le tre finestre gotiche del primo piano. Queste, che richiamano lo stile di alcuni edifici veneti medievali (oltre che le finestre del secondo piano del palazzo dei Priori di Perugia), sono costituite da trifore polilobate sovrastate da motivi timpanati che danno luce alla sala del Capitano del Popolo, un grande ambiente che presenta resti di affreschi del XIV secolo. Nello stesso piano si trova la raccolta archeologica del museo civico che conserva reperti archeologici rinvenuti nel territorio tuderte.
Nella fascia più alta del palazzo, si trovano invece altre quattro trifore, sormontate da un arco a tutto sesto, che si aprono sui locali della pinacoteca comunale.
Il palazzo del Capitano di Todi in stile gotico, è caratterizzato da una grande armonia degli elementi decorativi e soprattutto per la importante raccolte museali che ospita al suo interno.
Al primo piano si trova la Sala del Capitano del popolo, con affreschi del XIV sec. davanti alla quale si apre il Salone del Consiglio generale del palazzo del Popolo. All’ultimo piano dei due palazzi è collocato il Museo Pinacoteca che attraverso il riordino piuttosto recente, comprende molte sezioni. Il patrimonio comunale è formato principalmente da due nuclei: quello relativo agli oggetti d’arte facenti parte della requisizione napoleonica e il secondo proveniente dalla soppressione delle corporazioni religiose; in ultimo la collezione archeologica che risale ai primi del Novecento