Il museo Lapidario di Todi è collocato all’interno del complesso delle Lucrezie, polo museale di cui il Lapidario costituisce la prima sezione, in particolare la ex chiesa di S. Giovanni Battista e i due locali adiacenti.
Il complesso delle Lucrezie situato nel rione Nidola ha origine nella prima metà del XV sec., quando una nobile della Marca Anconetana, madonna Lucrezia della Genga nel 1425 lascia in eredità alle consorelle un edificio posto a ridosso delle mura della città di Todi. La sede monastica appartenente al Terz’ordine francescano nel giro di pochi anni si amplia con l’acquisto di immobili adiacenti. La prosperità del monastero fu tuttavia arrestata prima dalla crisi economica che interessò gli ordini religiosi alla fine del Quattrocento, poi a causa delle frane che interessarono la zona intorno al 1760 e in ultimo dall’incameramento per effetto delle leggi napoleoniche e relativa soppressione delle corporazioni religiose del 1862. Dopo la prima guerra mondiale e fino al 1987, il complesso di proprietà comunale, viene adibito ad attività rispondenti a funzionalità diverse fino a quando nel contesto della legge speciale n. 545 del 1987 per il consolidamento della rupe di Orvieto e del colle di Todi, l’intera struttura è stata sottoposta all’intervento di restauro.
Il Lapidario conserva materiali lapidei di età antica, medievale e moderna di proprietà comunale che sono stati rinvenuti nel corso dei secoli nella città e nel suo territorio subendo negli anni diversi spostamenti, fino a trovare nel 2008 l’attuale sede espositiva. Il percorso museale comprende più sezioni che seguono l’ordine cronologico dei pezzi a partire dall’età romana, fino al XIX secolo.