La chiesa di San Sebastiano sorge all’interno di Panicale vicino a Piazza Umberto I. L’edificio venne costruito tra la fine del XIV e l’inizio del XV secolo e fu completamente rifatto nel 1623.
All’interno custodisce due importanti affreschi: il primo, di Pietro Vannucci detto il Perugino, rappresenta il Martirio di San Sebastiano (1505), il cui paesaggio sullo sfondo, con il lago e le dolci colline, è assai simile a quello che si apprezza appena fuori l'edificio; il secondo, di scuola peruginesca, raffigura la Madonna in trono con Bambino e Angeli musicanti, affresco staccato originariamente appartenuto alla chiesa di Sant’Agostino.