Venne organizzato a fini didattici nel 1771 nei terreni di Palazzo Paradiso, sede dello Studio ferrarese. Trasferito nel 1919 in un appezzamento attiguo a Palazzo Schifanoia e poi riportato alla sede originaria nel 1925, fu spostato definitivamente nel 1963 presso l'Istituto di Botanica dell'Università e qui organizzato secondo un ordine sistematico. Attualmente comprende circa millesettecento piante coltivate all'aperto e raggruppate per famiglie, in aiuole distinte o in grandi serre; di particolare pregio le collezioni di piante succulente e le raccolte di orchidee e piante medicinali.