Il museo, statale, fu istituito con RD 14 giugno 1928 n.1934, pubblicato sulla GU del 27 agosto 1928 n.199.
La raccolta è collocata all’ultimo piano di Ca’ Pesaro, sede della Galleria Internazionale d’Arte Moderna, in forza della Convenzione intervenuta nel 1925 tra lo Stato ed il Comune di Venezia (Archivio Notarile di Venezia.
Registro Atti Locali 1372, vol.441,n.di repertorio160).


Il museo ha sede in uno dei più fastosi palazzi barocchi che si affacciano sul Canal Grande. L’edificio,iniziato su progetto di Baldassarre Longhena (1598-1682), nella seconda metà del Seicento, fu portato a termine all’inizio del Settecento.
La raccolta che costituisce il Museo d’Arte orientale si deve al principe Enrico di Borbone, conte di Bardi, ed al suo viaggio intorno al mondo compiuto tra il 1887 ed il 1889.

Dai lunghi soggiorni in Indonesia,Cina e Giappone Enrico di Borbone riportò trentamila pezzi che fece allestire in mostra permanente a Venezia, a palazzo Vendramin Calergi. Le vicende che seguirono la morte del principe, nel 1906, la vendita di parte della raccolta, la prima guerra mondiale, si conclusero con l’acquisizione della collezione da parte dello Stato in conto riparazione danni di guerra. Tra il 1925 ed il 1928 si realizzarono i lavori di adattamento della sede, l’allestimento ed il trasferimento della raccolta da Palazzo Vendramin Calergi a Ca’ Pesaro.
Dal novembre 2002, e successivi rinnovi, è in vigore la convenzione stipulata tra Città di Venezia e Soprintendenza Speciale per il Polo Museale Veneziano che unifica la gestione della bigliettazione e dei servizi di guardaroba, bookshop e caffetteria.