L'edificio venne edificato tra il 1838 e il 1842 su disegno dell'ingegnere della Provincia Giovanni Marsano, dirimpetto alla grandiosa Chiesa di San Maurizio (1781-1838), all'epoca appena conclusa nelle forme neoclassiche che le diede Gaetano Cantoni. Si componeva in origine di un corpo centrale più elevato affiancato da due avancorpi laterali più bassi unificati a livello della piazza dal ritmo neoclassico di un porticato centrale. I dipinti coevi ne restituiscono la configurazione ariosa, di colore bianco, alleggerita da terrazzi che si affacciano sul panorama circostante e che si richiamano all'urbanità della cultura neoclassica. La costruzione era realizzata in pendant con il pronao della Chiesa di San Maurizio alla quale metteva mano in quell'anno lo stesso Marsano, modificando le basi dei campanili e studiando per le stesse e per i corpi laterali del Collegio il medesimo paramento a bugnato appiattito interrotto da nicchie cieche.

Riprendendo precedenti idee progettuali di età napoleonica l'edificio era destinato a riunire le sedi del Municipio e del Collegio di scuole secondarie. Le caratteristiche della costruzione attestano il proposito di completare la nuova piazza Vittorio Emanuele (oggi Piazza Duomo) che si era venuta a creare tra i bastioni di San Bernardo e dell'Annunziata incorniciandone l'ampio spazio a monte che era considerato uno dei più belli e panoramici della città, e dotandolo di nuovi significati funzionali e simbolici. Per la sua costruzione furono utilizzati i materiali della chiesa vecchia di San Maurizio che l'impresa appaltante dell'ing. Angelo Ageno cominciava a demolire nel settembre dello stesso anno. L'edificio subì notevoli trasformazioni in età postunitaria dopo il trasferimento della sede comunale nel nuovo Teatro Civico e gli adeguamenti funzionali richiesti dalla nuova legislazione scolastica.

Nel 1862 vennero rialzate le ali laterali dall'ingegnere Arnaldi. E altri rimaneggiamenti furono operati in seguito sempre con la destinazione a uso scolastico, fino a che negli anni Settanta del Novecento, con il trasferimento del plesso delle scuole secondarie nell'area di Piazza Roma, non si stabilì di collocarvi la Pinacoteca Civica.

Oggi l'edificio ospita al piano a livello della Piazza la Pinacoteca e il Museo del presepe; ai piani superiori il Centro polivalente e il Museo Internazionale del Ponente Ligure.